Ada beberapa noda yang berbeda yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan dan memotret DNA setelah material telah dipisahkan oleh elektroforesis gel. Di antara banyak pilihan, lima strain ini adalah awal yang paling umum dengan Ethidium bromide, yang paling banyak digunakan. Ketika bekerja dengan proses ini, penting untuk tidak hanya mengetahui perbedaan antara strain tetapi risiko kesehatan yang melekat.
01 Ethidium Bromide
Ethidium bromide kemungkinan adalah pewarna yang paling terkenal yang digunakan untuk memvisualisasikan DNA. Pewarna ini dapat digunakan dalam campuran gel, di dalam buffer elektroforesis atau untuk mewarnai gel setelah dijalankan. Molekul pewarna mematuhi untaian DNA dan berpendar di bawah sinar UV, menunjukkan dengan tepat di mana band berada di dalam gel. Meskipun keuntungannya, kerugiannya adalah etidium bromide adalah karsinogen potensial, jadi harus ditangani dengan sangat hati-hati. Karena potensi risiko kesehatan bekerja dengan gel ini, alternatif telah ditemukan. 02 SYBR Gold
SYBR Emas pewarna dapat digunakan untuk noda DNA beruntai ganda atau tunggal, atau untuk noda RNA. SYBR Gold adalah salah satu alternatif pertama untuk ethidium bromide untuk memukul pasar dan itu dianggap lebih sensitif daripada ethidium bromide. Pewarna menunjukkan 1000 kali lipat UV fluorescence yang lebih besar setelah terikat dengan asam nukleat. Ini kemudian menembus persentase gel agarosa yang tebal dan tinggi dan dapat digunakan dalam gel formaldehida. Karena fluoresensi molekul tak terikat sangat rendah, tidak diperlukan destaining. Probe Molekuler pemegang lisensi juga (sejak peluncuran SYBR Gold) mengembangkan dan memasarkan SYBR Safe dan SYBR Green yang merupakan alternatif yang lebih aman untuk ethidium bromide.
03 SYBR Green
Pewarnaan SYBR Green I dan II (sekali lagi, dipasarkan oleh Molecular Probe) dioptimalkan untuk berbagai tujuan. Karena mereka mengikat DNA, mereka masih dianggap sebagai mutagen potensial dan karena itu, mereka harus ditangani dengan hati-hati. SYBR Green I lebih sensitif untuk digunakan dengan DNA beruntai ganda, sedangkan SYBR Green II, di sisi lain, yang terbaik untuk digunakan dengan DNA untai tunggal atau RNA. Seperti pewarna Ethidium Bromide yang populer, noda yang sangat sensitif ini berpendar di bawah sinar UV. 04 SYBR Aman
SYBR Safe dirancang untuk menjadi alternatif yang lebih aman untuk Ethidium Bromide dan noda SYBR lainnya. Ini tidak dianggap sebagai limbah berbahaya dan umumnya dapat dibuang melalui sistem saluran pembuangan biasa (yaitu di selokan), karena pengujian toksisitas menunjukkan bahwa tidak ada toksisitas akut. Pengujian juga menunjukkan ada sedikit atau tidak ada genotoksisitas pada sel Syrian Hamster Embryo (SHE), limfosit manusia, sel limfoma tikus, dan dalam tes AMES. Noda dapat digunakan dengan transiluminator cahaya biru yang menyebabkan kerusakan kurang pada DNA yang divisualisasikan dan menawarkan efisiensi yang lebih baik untuk kloning nanti. 05 Eva Green
Eva Green adalah pewarna fluoresen hijau yang telah ditemukan untuk menghambat PCR pada tingkat yang lebih rendah daripada pewarna lainnya. Ini membuatnya sangat berguna untuk aplikasi seperti PCR waktu nyata secara kuantitatif. Ini juga merupakan pilihan yang baik jika Anda menggunakan gel titik leleh rendah untuk pemulihan DNA. Ini sangat stabil pada suhu tinggi dan memiliki fluoresensi yang sangat rendah, tetapi sangat fluorescent ketika terikat ke DNA. Eva Green juga telah terbukti memiliki sitotoksisitas atau mutagenisitas yang sangat rendah atau tidak ada.